El ciclo del nitrógeno en estanques y lagos es un proceso interesante, siendo de vital importancia conocerlo. Es un proceso biológico de transformación de ciertos elementos que, de no interrumpirse, mantendrá de manera correcta el estado del agua. En pocas palabras es la oxidación del amonio (NH3) a nitritos (NO2) y luego a nitratos (NO3) a través de diferentes bacterias nitrificantes benéficas.

De los tres compuestos más estudiados, nitritos, nitratos y amonio, el que ha llamado más la atención es amonio, el cual sobresale por ser generalmente el más tóxico.

La toxicidad del amonio en los organismos acuáticos se ha atribuido a la especie química NH3 (amoniaco o amonio no-ionizado) mientras que la especie química NH4+ (ión amonio o amonio ionizado). Al incrementarse el pH y la temperatura la toxicidad del amonio no-ionizado aumenta siendo peligroso para los organismos del estanque, provocando problemas de estrés y a exposiciones prolongadas muerte.

El amonio es producto de la excreción de los animales, por la descomposición de material orgánico y alimento no consumido.

En el ciclo del nitrógeno el amonio es transformado a nitrito mediante procesos de oxidación por medio de bacterias Nitrosomonas, luego el nitrito pasa a nitrato por acción de bacterias Nitrobacter. Parte del nitrato producido es asimilado por las plantas en procesos metabólicos y otra parte es transformado a nitrógeno molecular mediante la desnitrificación.